|
|||||||||
|
|
||||||||
17.07 - 13:40
Геном человека: двадцать лет спустя| Медицина
20 лет назад президент США Билл Клинтон и премьер-министр Великобритании Тони Блэр объявили, что проект «Геном человека» и корпорация Celera Genomics завершили «первоначальное секвенирование генома человека». Говорят, что с этого момента биология вступила в «постгеномную эру». Назвать эту дату «днем расшифровки человеческого генома» можно, правда, только условно — на той конференции ученые лишь рассказали о первом «черновике» последовательности ДНК всех хромосом человека со множеством пробелов, некоторые из которых не заполнены до сих пор. Обе публикации, описывающие «черновик» человеческого генома, вышли в 2001 году, а «чистовая» версия появилась еще через три года. После этого проект «Геном человека» завершился — а вот расшифровка генома человека нет. Осмысление и дополнение полученных тогда данных продолжается до сих пор. N + 1 рассказывает о судьбе, пожалуй, важнейшего для науки XXI века проекта и том, что он сделал — и продолжает делать — с миром.
Генетический телескоп Хотя чисто техническая возможность секвенировать геном была показана еще в 70-х годах, когда был расшифрован первый геном вируса, о человеке задумались не сразу. По легенде, эта идея оформилась благодаря биологу Роберту Синшеймеру из Калифорнийского университета в Санта-Крус. Его коллеги-астрономы работали над созданием самого большого (на тот момент) наземного телескопа, и Синшеймер раздумывал над проектом подобного масштаба в биологии. В 1985 году он собрал несколько ведущих генетиков для обсуждения проекта по секвенированию генома человека. Коллектив пришел к заключению, что идея заманчива, но не реализуема. К тому моменту не был расшифрован даже геном кишечной палочки размером «всего» в пять миллионов пар нуклеотидов, а максимальная продолжительность нуклеотидной последовательности, которую можно было прочитать за раз методом Сэнгера, составляла несколько сот нуклеотидов.
Russ London / Wikimedia commons Поделиться Разворот одного из томов с расшифровкой человеческого генома из лондонского музея Wellcome Collection Adam Nieman / flickr / CC BY-SA 2.0 Поделиться
International Human Genome Sequencing Consortium / Nature, 2001 Поделиться «Заслуга запуска проекта, конечно, принадлежит Уотсону. И он изначально задумывался как международный. Во многих странах выделялось на это финансирование в рамках национальных проектов, — рассказывает Юрий Лебедев, заведующий лабораторией сравнительной и функциональной геномики ИБХ РАН и член Международной организации по изучению генома человека (HUGO), который в рамках проекта участвовал в создании карты 19-й хромосомы. — Люди из институтов США, Англии, Франции, Германии, Швеции, России — даже тех стран, которые не вошли в соавторы статьи в итоге — ездили друг к другу и работали над задачей сообща. В одиночку Америка бы конечно ничего не сделала». В авторах статьи 2001 года были члены International Human Genome Sequencing Consortium из 20 научных групп США, Великобритании, Германии, Франции, Японии и Китая.
Time, 2000 Поделиться
Дарья Спасская Поделиться Появление конкурента подстегнуло «Геном человека», и цель в итоге была достигнута на два года раньше. Федеральный проект договорился с Celera, и результаты обоих проектов были одновременно объявлены на той самой пресс-конференции 26 июня 2001 года. В зале присутствовали и основатель «Генома человека» Джим Уотсон, и Джон Уайт, директор PE Corporations, спонсировавшей Вентера — лица обоих явно давали понять, что войну удалось закончить дурным миром. Статья группы Вентера вышла в Science, через день после публикации статьи «Генома человека» в Nature.
Science, 2001; Nature, 2001 Поделиться Определение последовательности ДНК по Сэнгеру, в свою очередь, стало возможным благодаря открытию ДНК-полимеразы — фермента, который в клетке обеспечивает удвоение молекул ДНК за счет комплементарного достраивания цепи на одноцепочечной матрице. Этот метод, в отличие от чисто химического метода Максама-Гилберта (деградация ДНК по участкам модификации определенных нуклеотидов), основан на ферментативной достройке второй цепи на матрице цепочки, которую необходимо прочитать, и поэтому более производителен. Синтез комплементарной цепи происходит с использованием стандартных нуклеотидов (A, T, G, C), но в определенный момент в пробирку добавляют радиоактивно меченый дидезоксинуклеотид, после встройки которых синтез цепи обрывается (сейчас для рутинного секвенирования используют тот же способ, но вместо радиометок используют флуоресцентные). Анализ в геле получившихся фрагментов разных размеров, оканчивающихся на одну и ту же «букву», позволяет восстановить всю нуклеотидную последовательность.
John Schmidt Поделиться «Для секвенирования дробили каждый из больших фрагментов на смесь перекрывающихся фрагментов меньшей длины, переклонировали мелкие фрагменты в фаговый вектор (М13) и секвенировали по Сэнгеру на автоматических секвенаторах всю смесь мелких фрагментов», — поясняет Лебедев. Собственно, метод разбивки на короткие фрагменты и называется «методом дробовика». Первая длинная последовательность ДНК, прочитанная таким образом в 1981 году — геном вируса мозаики цветной капусты. Вентер понял, что короткие кусочки генома необязательно клонировать в вектора, а можно читать с двух сторон прямо так (для этого к ним нужно пришить с краев известные последовательности). Благодаря этому усовершенствованию его команда быстро прочитала последовательность 70 миллионов кусочков, и собрала их воедино при помощи уже готовых физических карт за три года. Стоило это им всего 200 тысяч долларов — несравнимо меньше, чем «Геному человека».
Источник: Jennifer Commins et al. / Biological Procedures Online, 2009 Поделиться Порядок действий при использовании метода секвенирования, который применяли в Celera Genomics Источник: Jennifer Commins et al. / Biological Procedures Online, 2009 Поделиться Накопление последовательностей послужило толчком для развития целой науки — биоинформатики, которая занимается сборкой, обработкой и анализом геномов с использованием математических методов. «Высокопроизводительное секвенирование (NGS) появилось именно по итогам секвенирования генома человека — до этого просто не было необходимости читать столько последовательностей. Более того, я уверен, что этот проект подстегнул развитие и компьютерных технологий, и big data analysis — были огромные объемы данных, которые надо было как-то анализировать», комментирует результаты проекта Лебедев. В том же духе высказывается и биоинформатик, заместитель директора Института проблем передачи информации РАН Михаил Гельфанд: «Сейчас уже производительность секвенаторов растет быстрее, чем производительность процессоров и памяти. Данные растут быстрее, чем возможности по их обработке».
Первые итоги и дальнейшее развитие По оценкам ученых, эухроматин составляет около 95 процентов всего генома. Остальная ДНК спрятана в плотно упакованных белковых комплексах и основную часть времени «молчит». Помимо человека, как и рекомендовали в 90-м году эксперты, к 2001 году были отсеквенированы геномы «599 вирусов и вироидов, 205 существующих в природе плазмид, 185 органелл, 31 эубактерии, семи архей, одного гриба, двух животных и одного растения», а к официальному финалу проекта список пополнился геномами мыши и крысы — модельных животных, без которых немыслимо ни одно крупное медицинское исследование. Одной только сырой последовательностью букв результат проекта, конечно не ограничивается. После расшифровки число генов в геноме человека пришлось сократить со 100 тысяч до 30 тысяч — это число всего в два раза больше, чем у мухи или червя, написали авторы исторической публикации в Nature. https://nplus1.ru/ Ключевые слова:
|
|||||||||
Читайте также:
Neue Forschung: Wie man Herzinsuffizienz mit Leichtigkeit vermeidetEine kürzlich von einer Gruppe von Wissenschaftlern durchgeführte Studie ergab, dass bereits eine einfache Maßnahme wie der Verzehr der richtigen Menge an Obst und Gemüse das Risiko einer Herzinsuffizienz erheblich senken kann. New research: how to avoid heart failure with easeA recent study conducted by a group of scientists found that something as simple as eating the right amount of fruits and vegetables can significantly reduce the risk of developing heart failure. Новое исследование: как избежать сердечной недостаточности с легкостьюНедавнее исследование, проведенное группой ученых, выяснило, что простая вещь как правильное употребление фруктов и овощей может значительно снизить риск развития сердечной недостаточности. Нове дослідження: як уникнути серцевої недостатності з легкістюНедавнє дослідження, проведене групою вчених, з'ясувало, що проста річ, як правильне вживання фруктів та овочів, може значно знизити ризик розвитку серцевої недостатності. Какие яйца более полезны: куриные или перепелиныеЯйца – это ценный источник белка и других полезных питательных веществ. |
|||||||||
|